蟹類發現多達四十餘種，其中斯氏沙蟹，數量高達一百萬隻，日本蟹類專家來訪時驚為世界上顏色最鮮紅的斯氏沙蟹。鮮藍色的兵蟹，又稱為和尚蟹，數量約一億隻，於適當時節常見其成群結隊，宛如萬馬奔騰，有條不紊。加上客雅溪口北岸的港南地區，累積記錄了二百七十四種留鳥和遷移性鳥類，超過台灣可見鳥種的一半。
本區的保育類鳥種
※瀕臨絕種
1.白鸛（Ciconia boyciana）
2.黑面琵鷺（Platalea minor）
3.隼（Falco peregrinus）
4.諾曼氏青足鷸（Tringa guttifer）
※珍貴稀有
1.黑鸛（Ciconia nigra）
2.唐白鷺（Egretta eulophotes）
3.雀鷹（Accipiter virgatus）
4.紅隼（Falco tinnunculus）
5.大冠鷲 （Spilornis cheela）
6.魚鷹（Pandion haliaetus）
7.彩鷸（Rostratula benghalensis）
8.短耳鴞（Asio flammeus）
9.長耳鴞（Asio otus）
10.小燕鷗（Sterna albifrons）
※其他應予保育
1.喜鵲（Pica pica )
2.紅尾伯勞（Lanius cristatus）
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保護區北涵括客雅溪口（含金城湖附近），南至無名溝（竹苗交界），東起海岸線（以界標為準），西至最低潮線（不包含現有海山漁港、浸水垃圾掩埋場及客雅污水處理廠預定地）。面積1600公頃，其中已登錄土地面積20.5公頃為金城湖及其附近區域。
自客雅溪口以南的海岸依序有客雅溪河口濕地、三姓公溪及大庄溪口草澤濕地、香山泥灘濕地、海山罟紅樹林濕地及南港沙灘，是北台灣最大的海濱濕地，生態資源豐富，千餘公頃潮間帶所孕育的大量蝦蟹螺貝，吸引大批水鳥，據統計記錄的鳥類多達二百七十四種、螃蟹達四十三種。尤其介於客雅溪口至南港無名溝之間的香山潮間帶，已於1996年國際拉薩姆公約組織會議中被正式列為「東亞水鳥保護網」的一環。
香山潮間帶，隨潮汐吸吐水分、承受波浪，防海侵陸，也是牡蠣養殖的北限。客雅溪因市區內排水所挾雜的營養物質，為河口濕地帶來充沛的養份，並孕育出豐富的底棲生物，提供餌料而成為魚蝦蟹貝重要育苗場，吸引大批的水鳥在此出沒。溪口南岸潮間帶屬泥質灘地，每當退潮即可見到大批水鳥在此覓食；漲潮時水鳥就飛到河口紅樹林、沙洲或北岸的海埔地候潮，尤以金城湖一帶最盛。客雅溪口附近、海山漁港附近和南港海灘一帶具有典型的沙丘景觀。客雅溪口的紅樹林及海山罟紅樹林皆為人工栽植的水筆仔純林，前者為1989年所植，後者於1959年就已栽種。目前三姓公溪口至大庄溪口間的泥灘地出現人工種植的紅樹林小植株，面積約十公頃。
