本區魚類資源依據過去之調查資料，至少有鱸鰻、台東間爬岩鰍、何氏棘魚八、台灣鏟頷魚、高身鏟頷魚、菊池氏細鯽、平頷?、粗首?、台灣馬口魚、褐吻?虎及日本禿頭鯊等十一種。其中高身鏟頷魚為瀕臨絕種保育類野生動物，鱸鰻及台東間爬岩鰍則為珍貴稀有保育類野生動物。
此外溪流常見的鳥類則有綠簑鷺、夜鷺、小白鷺、鉛色水鶇、小剪尾、河烏及磯鷸等。常見的兩生類有盤古蟾蜍、日本樹蛙、褐樹蛙、斯文豪氏赤蛙及拉都希氏赤蛙。
本區保育類魚種
※瀕臨絕種
1. 高身鏟頜魚 (Varicorhinus alticorpus)
俗名：赦免、免仔、高身鏟頜魚
※珍貴稀有
1. 鱸鰻 (Anguilla marmorata)
俗名：花鰻、烏耳鰻、紅土龍、白鱔
2. 台東間爬岩鰍 (Hemimyzon taitungensis)
俗名：石貼仔
新武呂溪溪流魚類中文名和學名對照表
鰻目 Anguilliformes
鱸鰻科 Anguillidae
鱸鰻 (Anguilla marmorata)
鯉目 Cypriniformes
平鰭鰍科 Homalopteridae
台東間爬岩鰍 (Hemimyzon taitungensis)
鯉科 Cyprinidae
何氏棘魚八(Spinibarbus hollandi)
台灣鏟頜魚 (Varicorhinus barbatulus)
高身鏟頜魚 (Varicorhinus alticorpus)
菊池氏細鯽 (Aphyocypris kikuchii)
平頷鱲(Zacco platypus)
粗首鱲(Zacco pachycephalus)
台灣馬口魚 (Zacco barbata)
鱸形目 Perciformes
鰕虎科 Gobiidae
褐吻鰕虎 (Rhinogobius brunneus)
日本禿頭鯊 (Sicyopterus japonicus)
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新武呂溪發源於中央山脈南段的三叉山、向陽山至關山一帶東稜，主要支流包括大崙溪、霧鹿溪和武拉庫散溪，三條支流在新武部落附近匯流後向東行，於池上鄉匯入卑南大溪。保護區範圍自新武呂溪下游之初來橋起，往上游經新武橋至支流大崙溪的拉庫拉庫溫泉，另一支流霧鹿溪至利稻橋，以及另一支流武拉庫散溪5.5公里處，總長度37.1公里，面積合計292公頃。
新武呂溪發源於中央山脈南段東稜，水質清澈，溪流魚類資源豐富。保育類魚種高身鏟頜魚與台東間爬岩鰍的數量甚為豐富。新武呂溪支流武拉庫散溪與大崙溪的集水區屬原始森林狀態，大崙溪離新武橋約10.7公里處有一拉庫拉庫溫泉。另一支流霧鹿溪因有南橫公路經過，集水區除原有森林外，人為開發較多，包括開礦、人工林、高冷蔬果區及部落。
保護區範圍之河段自然而多樣，具有深潭、急瀨、平流等各種類型的水域，以及巨石、卵石、礫石、泥沙等底質環境，提供各類生物在各個生活時期的需要。水質清澈，石塊上的細微底藻與蜉蝣、石蠅、石蛾等水棲昆蟲生長良好，可提供魚類良好之食物來源。
