四草地區發現的鳥種，超過160種，以候鳥的種類及數量最多，約佔75％，其餘為留鳥。每年9月至11月為水鳥大量南下之遷移期，過境候鳥在此暫駐、覓食並補充體能，部分候鳥在此過冬。隔年3月下旬至5月中旬為春季候鳥北返遷徙期。其中以鷸科鳥類最多，另外鷗科、鷺科、雁鴨科數量亦不少。此外還有部分鳥類在此地繁殖，包括高蹺?等鳥類。其中四草地區被認為擁有台灣地區最大高蹺?繁殖族群，其繁殖高峰期約在5月與6月，偏好選擇隆起之土堆且有適當植被覆蓋處築巢。
本區的保育類鳥種
※瀕臨絕種
1. 黑面琵鷺 (Platalea minor)
2. 白鸛 (Ciconia ciconia)
3. 諾氏鷸 (Tringa guttifer)
※珍貴稀有
1. 唐白鷺 (Egretta eulophotes)
2. 黑鸛 (Ciconia nigna)
3. 黑頭白(Threskiornis melanocephalus)
4. 松雀鷹 (Accipiter virgatus)
5. 赤腹鷹 (Accipiter soloensis)
6. 鳳頭蒼鷹 (Accipiter trivirgatus)
7. 花雕 (Aquila changa)
8. 灰面鷲 (Butastur indicus)
9. 澤鵟 (Circus aeruginosus)
10. 老鷹 (Milvus migrans)
11. 鵰頭鷹 (Pernis ptilorhynchus)
12. 日本松雀鷹 (Accipiter gularis)
13. 魚鷹 (Pandion haliaetus)
14. 紅隼 (Falco tinnunculus)
15. 燕 (Glareola maldivarus)
16. 小燕鷗 (Sterna albifrons)
17. 草鴞 (Tyto capensis)
18. 短耳鴞 (Asio flammeus)
19. 黃鸝 (Oriolus chinensis)
20. 畫眉 (Garrulax canorus)
※ 其他應予保育類
1. 喜鵲 (Pica pica)
2. 紅尾伯勞 (Lanius cristatus)
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四草野生動物保護區位於台南市安南區鹿耳門溪東南，西濱公路西南，鹽水溪以北，正處於鹽水溪和嘉南大圳排水道匯集的北方。整個保護區可分3大區，分別為東區北邊高蹺?繁殖區
(A1) 共50公頃；東區南邊鹽水溪河口東岸區 (A2) 335.1公頃；西區鹿耳門溪河口西岸區(A3)
130公頃。
保護區是台灣西岸的重要溼地之一，附近原是台南鹽水溪北岸與鹿耳門溪之間的舄湖，經先民開發成鹽場，成為特殊的人工溼地景觀。每年有不少候鳥來此度冬，或作為繼續南遷時補充食物的中繼站，是亞洲到澳洲之間候鳥遷徙的重要棲地。此外，每年五至六月有許多的高蹺?利用四草保護區的A1區繁殖，是少數在台灣繁殖的高蹺?最大的繁殖場。
本區為鹽田所形成的人工濕地，但由於位於河口，並且有不同程度的人為利用方式，創造了多樣化的棲地。保護區周圍為養殖魚塭，保護區內有鹽田、水道、運河、溝渠，以及河口沙洲的潮間帶。另外，保護區有些鹽田，因海岸線西移而無法晒鹽，長滿紅樹林，包含了五梨跤、欖李與海茄冬，還有一些鹽生性水草。這些多樣化的棲地，提供不同的水鳥棲息與食物來源。
