魚礁能改變海底地形，透過海流、潮汐、波浪等作用，水體能上下混合、形成渦流，攪拌海底營養鹽類，增進浮游生物的繁殖孳生能力。魚礁礁體的廣大表面積還能提供如藻類、腔腸、海綿、軟體、環節等無脊椎動物附著生長繁殖，形成餌料場，吸引洄游性魚類聚集滯留。魚礁堆放後的結構及其造成的孔隙、洞穴，能成為底棲魚、貝、介類及仔稚魚之棲息、繁殖與避敵場所，發揮保育海洋資源的功能，改善漁場環境，增加漁產量。

台灣沿近海魚礁區依設置之目的概分為三類，分別為大型人工魚礁區及小型礁區以及保護礁區。大型人工魚礁區以改良海洋環境，提供魚、貝、介類適當棲息場所，增加漁產量為目的。目前政府所公告的大型人工魚礁區劃分範圍與設置方式是以中心點經緯度為圓心，涵蓋半徑500公尺以內海域。大型魚礁投放的礁體種類較為複離，包括船礁、廢輪眙礁、舊車廂、林木、汽油桶、浮竹筏．煤灰礁及水泥礁等類；其中水泥礁依其構型之下同，有三角礁、雙層 框型鋼礁、半圓型積疊礁、方型礁及雙層式大型礁，近年亦將收購的老舊漁船或走私沒收之鐵殼船及FRP船礁列為礁體材料之一。

小型魚礁區亦以提供魚、貝、介類棲息場所，以達列保育及增產為目的。小型魚礁區的投礁地點均在各縣市所設之漁業資源保育區內，多為離岸 200公尺之沿岸海域，且均為體積較小之混泥土材質，已投放種類有饅頭礁、水泥柱、十字腳柱、方型礁等，另有專為九孔及龍蝦保育用的九孔礁與龍蝦礁。